Trong khi Sobekhotep IV là một trong số những vị vua hùng mạnh nhất của vương triều thứ 13 và sự kiểm soát của ông đối với Memphis, Miền Trung Ai Cập và Thebes được chứng thực rõ ràng bởi các ghi chép lịch sử, người ta tin rằng ông đã không cai trị một đất nước Ai Cập thống nhất. Theo như nhà Ai Cập học Kim Ryholt, vương triều thứ 14 hiện đã nắm quyền kiểm soát miền đông châu thổ sông Nile vào thời điểm đó.[8]

Ngoài ra, N. Moeller và G. Marouard lập luận rằng miền đông châu thổ sông Nile đã nằm dưới sự cai trị của vị vua Hykos thuộc vương triều thứ 15 là Khyan vào thời Sobekhotep IV. Lập luận của họ, được trình bày trên một bài báo mới xuất bản gần đây,[9]dựa trên việc phát hiện ra một tòa nhà hành chính quan trọng thuộc giai đoạn đầu vương triều thứ 12 (Trung Vương quốc) ở Tell Edfu, Thượng Ai Cập, mà đã được tiếp tục sử dụng từ giai đoạn đầu thời kỳ Chuyển Tiếp thứ Hai cho tới khi nó không còn được sử dụng dưới thời vương triều thứ 17. Quá trình nghiên cứu trên thực địa của các nhà Ai Cập học vào năm 2010 và 2011 đối với tàn tích của tòa nhà cũ của vương triều thứ 12 này, mà vẫn được sử dụng dưới thời vương triều thứ 13, dẫn đến việc phát hiện ra một đại sảnh lớn nằm kế bên, mà có chứa 41 dấu niêm phong cho thấy đồ hình của vị vua Hyksos là Khyan cùng với 9 dấu niêm phong có tên của vị vua thuộc vương triều thứ 13 là Sobekhotep IV.[10]Theo như Moeller, Marouard và Ayers thì: "Những phát hiện này đến từ một phạm vi khảo cổ học được gìn giữ an toàn và bịt kín và mở ra những câu hỏi mới về sự tiến triển của văn hóa và thứ tự thời gian của giai đoạn cuối Thời kỳ Trung Vương quốc và giai đoạn đầu Thời kỳ Chuyển tiếp Thứ Hai."[11] Họ kết luận rằng, thứ nhất, Khyan thực sự là một trong những vị vua Hyksos đầu tiên và có thể không được kế vị bởi Apophis—người là vị vua cuối cùng thứ hai của vương quốc Hyksos—và thứ hai là vương triều thứ 15 (Hyksos) đã tồn tại vào giai đoạn giữa vương triều thứ 13 bởi vì Khyan đã kiểm soát một phần của miền Bắc Ai Cập vào cùng thời điểm khi Sobekhotep IV cai trị phần còn lại của Ai Cập như là pharaon của vương triều thứ 13.

Phân tích này và các kết luận rút ra từ nó lại bị nghi ngờ bởi Robert Porter, tuy nhiên ông ta lập luận rằng Khyan đã cai trị muộn hơn nhiều so với Sobekhotep IV. Porter chỉ ra rằng những con dấu của một pharaoh đã được sử dụng thậm chí lâu hơn sau khi ông ta đã qua đời, nhưng ông ta cũng băn khoăn liệu rằng Sobekhotep IV đã cai trị muộn hơn nhiều hoặc là giai đoạn đầu vương triều thứ Mười Ba đã kéo dài lâu hơn như đã nghĩ trước kia hay không.[12] Trong biên niên sử của Ryholt về giai đoạn Chuyển Tiếp Thứ Hai, Khyan và Sobekhotep IV cách nhau khoảng 100 năm.[8] Một con số tương tự cũng được Nicolas Grimal đưa ra.[13]

Bất kể giả thuyết nào là đúng đi chăng nữa, hoặc là vương triều thứ 14 hoặc là vương triều 15 đã kiểm soát khu vực châu thổ vào thời đại của Sobekhotep IV.[14]